Publié le 4 mai 2015
Le « goût de pomme de terre » de certains cafés déprécie leur qualité et
leur valeur. Il est dû à la présence d’une molécule produite à la suite
de l’introduction d’une bactérie dans les fèves. Une équipe du Cirad,
associée à l’Institut Pasteur, vient d’identifier cette bactérie. Il
s’agit d’une nouvelle espèce, baptisée Pantoea coffeiphila.
Dans la région des Grands Lacs, en Afrique de l’Est, le « goût de pomme
de terre » du café, bien que peu fréquent, représente un sérieux risque
pour le secteur caféier. En effet, alors qu’ils sont parmi les meilleurs
du monde, ces cafés peuvent subir des décotes importantes à
l’exportation en raison du goût désagréable de certains lots.
Ce goût de pomme de terre est imputable à la présence
d’isopropyl-2-méthoxyle-3-pyrazine, une molécule produite lorsqu’une
bactérie s’introduit dans les fèves de caféier, généralement à la suite
des piqûres de l’insecte Antestiopsis orbitalis.
On ignorait cependant l’identité de cette bactérie. C’est pourquoi une
équipe du Cirad vient d’en faire l’analyse génétique à partir d’isolats
collectés au Burundi.
Une analyse génétique pour identifier la bactérie
Cette analyse génétique, réalisée avec le concours de l’Institut
Pasteur, a permis d’identifier la bactérie. Tout d’abord, le séquençage
de deux gènes, RRS et rpoB, a montré que ces isolats appartenaient au
genre Pantoea.
L’analyse des séquences d’une autre série de gènes (gyrB, rpoB, atpD et
infB) a ensuite permis de préciser qu’il s’agissait d’une nouvelle
espèce, et sa position a été représentée dans plusieurs arbres
phylogénétiques.
Découverte d’une nouvelle bactérie : Pantoea coffeiphila
Cette nouvelle espèce, qui appartient à la famille des Enterobacteriaceae et au genre Pantoea,
a été baptisée Pantoea coffeiphila
sp. nov.
Les souches ont été déposées dans la collection de l’Institut Pasteur
(CIT) et dans celle de la DSMZ (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen
und Zellkulturen).
A partir de ces travaux, des kits de détection sélective de la bactérie
permettront d’envisager de nouvelles recherches pour mieux comprendre
l’écologie de cette bactérie dans les zones caféières de la région des
Grands Lacs.
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